二、发展阶段(1998年-2007年)：规范和改进国家重点实验室的管理，探索新的实验室建设类型。
科技部规范了“发布指南、部门推荐、专家评审、择优立项”的国家重点实验室新建程序，在国家重大需求领域和新兴前沿领域新建了88个实验室，同时淘汰了17个运行较差的实验室，建立了“优胜劣汰”的竞争机制。此外，根据实验室发展形势与时俱进修订实验室建设与管理办法，加强实验室管理。尤其对实验室评估规则进行了较大的修改，强调质量、定性评价、整体评价等指导
思想，取消定量指标，引导实验室出重要原始性创新成果。
2000年开始，在国家重点实验室工作基础上推动学科交叉、综合集成的国家实验室(试点)工作。
2003年，为带动地方基础研究和基地建设，开展了省部共建国家重点实验室培育基地工作。
2006年，为加强国家技术创新体系建设，开展了依托企业和转制院所建设国家重点实验室的工作。
截至2007年底，正在运行的国家重点实验室258个(其中企业国家重点实验室38个)，试点国家实验室6个，省部共建国家重点实验室培育基地44个。这些研究实验基地基本覆盖了基础研究的重点学科领域，学科布局和结构布局基本合理。